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张格尔是大和卓波罗泥都的孙子。1759年，清朝政府平定大小和卓叛乱后，大和卓的儿子萨木萨克逃亡到浩罕(乌孜别克所建三汗国之一，位于费尔干纳盆地)，生有三子:长子叫玉素普，二子就是张格尔，三子叫巴布顶。从19世纪20年代开始，张格尔就利用南疆维吾尔族人民对清朝封建官吏和当地伯克的不满，在浩罕统治者玛达里与英国的支持和唆使下，发动叛乱多次侵人新疆地区。
1820年9月，张格尔纠集300余人由浩罕返回新疆作乱，在图舒克塔什、喀浪圭、乌帕拉特等卡伦肆意烧杀抢掠，领队大臣色普征额率兵堵截，杀敌50余人，活捉80余人。张格尔率残部仓皇逃跑。1824年9月，张格尔又纠集200余人，从阿赖岭入境，第二次返回作乱，抢掠鸟鲁克卡伦，结果被清军击溃，遂流窜到柯尔克孜部落游牧地，继续网罗叛党，卷土重来。这时，浩罕统治者玛达里汗答应张格尔“派兵数千同抢取喀什噶尔”，助长了张格尔的器张气焰。所以，他又于1826年7月18日再次返回作乱。
张格尔率安集延(当时对乌孜别克人的称呼)、布鲁特500余人，由开齐山路入境，半夜到达阿尔图什庄，参拜了那里的麻扎(圣)。阿尔图什庄离喀什噶尔80多里。参赞大臣庆样闻讯后，立即派兵千余进行围剿。张格尔突围后，动惠胁白山派维吾尔族群众万余人，分作两股，分别进攻喀什噶尔和叶尔差(今莎车)。张格尔与浩军约定:攻下西四城(略什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔、和)后，将喀什噶尔割让给浩军，抢夺的财物平分。所以在8月份，浩军又出兵万余人帮助张格尔。
9月，略什噶尔城被攻陷，英吉沙尔、叶尔羌、和阅三城也相继沦陷。张格尔在占据西四城后，纵容所属到处烧杀抢掠。四城的民房、衙署都被焚毁。他还向各地勒索银两、马匹、妇女，供其乐。广大人民群众稍有反抗，即遭杀戮。张格尔的暴虐程度“甚于从前和卓千倍万倍”。1826年8月27日，清朝政府派伊犁将军长龄为扬威将军，以陕甘总督杨遇春、山东巡抚武隆阿参赞军务，调集各省官兵3.6万余名云集阿克苏清军首先在阿克苏南的浑巴什河击溃来犯的叛军，现固了阵地。
1827年3月3日，清军从阿克苏出发，经洋阿里克(今洋尼里克)、巴尔楚克(今巴楚)、连克洋阿尔巴特庄、沙布都尔庄、阿瓦巴特庄，直捣喀什噶尔。3月26日，清军开始攻打喀什噶尔。张格尔沿河列阵，放炮抵抗。清军也用连环大炮予以还击。夜晚，清军打退了妄图偷渡的叛军后，派索伦马队千余人沿河下游佯渡，以分散敌人兵力，然后集中主力于河上游拼力抢渡。清军人人奋勇向前，强渡成功，连破略什噶尔汉、回二城，歼敌6万，擒敌数千人。张格尔见大势已去，仅带数十人于27日凌晨逃出喀什噶尔。
清军攻克喀什噶尔的消息，使英吉沙尔的叛军闻风丧胆。伪阿奇木伯克弃城逃窜。3月31日，英吉沙尔不攻而下。清军的胜利，鼓舞了叶尔羌各族人民，他们活捉了11名叛军头目和160余名叛军土卒。4月11日，清军收复叶尔羌。和闻各族人民在1826年底就曾举行武装反抗，抓获伪和阗王约霍普(张格尔表兄)和伪伯克9名，献给清朝政府。但和阗人民的反抗被张格尔残酷地镇压了下去。
当清军进军和闻时，和闻人民再次举兵，与清军里应外合，杀敌2000余名，开城迎接清军。4月24日，清军进驻和闻。张格尔逃出喀什噶尔后，流窜于木吉、阿赖、达尔瓦斯(均在吉尔吉斯境内)等地。1828年初，他又企图乘春节年关，清军疏于防范之际，潜入阿尔图什庄，再次作乱。结果在逃到喀尔铁盖山时，被各族军民活捉。第二年6月，张格尔被解到北京处死。清朝政府得以迅速平定张格尔之乱，是和新疆各族人民，特别是维吾尔族人民的大力支持分不开的。无论是冲锋陷阵，还是递送情报，捐助马匹粮草、车辆、修路筑桥、转饷、运送军火，各族人民都积极参加。
但是，张格尔的叛乱，也暴露了清朝内政腐败和国防废弛两方面的严重问题。在平定张格尔之乱后，清朝政府采取了一些措施，如对各级大臣实行考核制度，加强对伯克的管理，重申阿訇等不得干预政治，增加驻军等等。然而这时清朝的封建统治早已开始走下坡路，陈规陋习，积重难返。所以，这些措施只能暂时缓和某些社会矛盾，但不能从根本上解决间题。新疆各族人民仍然面临着内忧外患的严峻局面，至19世纪40年代，终于沦入半殖民地半封建的深渊。
